A breslaui egyetemen szerzett diplomát 1874-ben. 1875-ben a berlini egyetemen Weierstrass és Helmholtz irányítása mellett nyerte el a doktori fokozatát. 1872-ig maradt a berlini egyetemen, ekkor elfogadta a zürichi egyetemre történő matematika professzori kinevezését, amit 10 éven keresztül töltött be. 1892-ben a marburgi egyetemen, 1902-ben a berlini egyetemen kapott professzori katedrát. 1922-ben vonult vissza. Munkásságának fő területe az algebrai geometria, számelmélet, csoportelmélet, ezen belül is az elliptikus, Abel-féle és theta-függvényekre vonatkozó tételei. Róla kapta nevét a Schottky-csoport, a Schottky-probléma. Az ő fia volt Walter Hermann Schottky, a neves fizikus.