Szegény családból származott, ismereteit nagyrészt önképzéssel szerezte. 1789-ben a Marseille-i obszervatóriumba került alacsony beosztásban. Eleinte csak segédkezett a megfigyelésekben, azonban egy idő után önálló megfigyeléseket végzett. Rendkívül jó megfigyelőképessége és memóriája révén különösen az üstökös-megfigyelései voltak igen eredményesek. 37 üstököst fedezett fel, többet, mint eddig bárki más a csillagászat történetében. 1819-ben a Lucca melletti Marlia obszervatórium igazgatója lett, majd 1825-től asztronómiát tanított a firenzei La Specola-ban. Nevét egy aszteroid és a Pons-Winnecke üstökös viseli.