1941-ben fejezte be villamosmérnöki tanulmányait a Pennsylvania-i Egyetemen, Itt kapcsolatba került John William Mauchly-val, aki tervezetet dolgozott ki - mai terminológiával - elektronikus számítógép létrehozására, amelyben felhasználta John V. Atanasoff elgondolásait is. Az amerikai hadsereg támogatásával építették meg az ENIAC számítógépet, elsősorban ballisztikai feladatok megoldására. 1945-ben Neumann János meglátogatta az ENIAC építését, s ennek során megfogalmazta a tárolt programú számítógép elvét. Az ENIAC első változata 1945-ben működött. Eckert és Mauchly újabb számítógép, az EDVAC tervezésébe kezdett. 1946-ban Mauchly-val közös céget alapítottak, megépítették az első UNIVAC számítógépet. A céget azonban pénzügyi nehézségek miatt kénytelenek voltak eladni. Eckert a továbbiakban is a számítástechnika területén működött, számos szabadalma volt. 1973-ban a Honeywell cég megtámadta Mauchly-val közös szabadalmukat, s a bíróság egy - szakmai körökben máig vitatott - végzésben Atanasoff-ot nyilvánította a számítógép feltalálójának. Eckert számos kitüntetésben és díjban részesült a számítógépek fejlesztésében végzett úttörő munkájáért.