1556-ban Hédervárott, majd Szakolcán, 1559-től Alsólendván, 1564-től Sárváron volt tanító. 1565-től a Bánffyak udvari papja Alsólendván, 1574-től Sopronban magyar prédikátor, 1576-tól Németújváron Batthyány Boldizsár udvari lelkésze. 1585-ben a Fertő és a Balaton közti kerület szuperintendense. Az 1587-i csepregi zsinaton kánonokat bocsátott ki, amelyek ellen az ortodox lutheránus esperesek ellenállást szítottak. Az 1591-i csepregi kollokviumon nyílt szakításra került sor Beythe és a lutheránusok között. 1595-ben lemondott püspöki tisztéről. Munkásságának fontos része volt a növénytan tudományos kutatása. A magyar növényszavak gyűjtése Beythe érdemének tekinthető, ámbár a gyűjtött nevek Clusius munkájában láttak világot. Munkája az első magyar flóraleírásnak tekinthető.