Német bakteriológus
A würzburgi egyetemen és a Berlini Friedrich Wilhelm Egyetemen folytatott orvosi tanulmányokat. Orvosi diplomáját 1874-ben Berlinben kapta meg, és miután egy ideig katonaorvosként szolgált, Berlinben Robert Koch mellett a Birodalmi Egészségügyi Hivatal munkatársa lett 1879-1884-ig. 1888-tól a Greifswaldi Egyetemen a higiénia professzora, majd ugyanott rektor volt. 1913-ban a berlini Fertőző Betegségek Robert Koch Intézetének igazgatójává nevezték ki. Edwin Klebsszel 1884-ben fölfedezte a diftéria kórokozóját a Klebs-Löffler-bacilust. Émile Roux-val és Alexandre Yersinnel egyidőben megállapította a diftériatoxin létezését. Kimutatta, hogy bizonyos állatok immunisak a diftériával szemben, ennek a fölfedezésnek igen fontos szerepe volt abban, hogy Emil von Behring kifejlesztette a diftéria-antitoxint. Löffler fölfedezte a sertésorbánc és a sertéspestis okát, majd Wilhelm Schütz-cel együtt azonosította a takonykór kórokozóját. Paul Frosch-sal kimutatta, hogy a száj- és körömfájást vírus okozza és kidolgozta a betegség ellenszérumát.