Geológus, paleontológus, egyetemi tanár
Főiskolai tanulmányait 1840-42-ben Bécsben, 1843-tól 1846-ig a selmecbányai bányászati akadémián végezte. 1849-50-ben Bécsben analitikai, kémiai tanulmányokat folytatott, majd a dorogi szénbányánál dolgozott. Néhány évig Szerbia kormányának szolgálatában állt. 1858-ban Pesten telepedett le és itt őslénytani kutatásokat végzett. 1861-67-ben a pesti kereskedelmi akadémia tanára, 1869-ben megszervezte a Földtani Intézetet, amelyet 1870-től mint igazgató vezetett. 1882-től haláláig egyetemi tanár a paleontológiai tanszéken. A Nummulinák és egyéb harmadidőszaki Foraminifera-félék nemzetközileg elismert kutatója volt. Páratlanul gazdag Nummulina-gyűjteménye a budapesti egyetem Őslénytani Intézetének Múzeumában van. Emlékét őrzi a Hantkenia és a Hantkenina állatnem-név is. A magyarországi kőszéntelepekről az első gyakorlati szempontból is jelentős összefoglaló ismertetést ő készítette. Tiszteletére a Magyarhoni Földtani Társulat 1963-ban három évenként kiosztásra kerülő Hantken Miksa-emlékérmet alapított az ősélet és rétegtani szakirodalomban elért kimagasló eredményért.