Már 20 évesen 200 oldalas enciklopédiai szócikket írt a relativitáselméletről. 1923-tól a Hamburgi Egyetemen tanított. A következő évben vetette fel, hogy az elektron energiaállapotainak leírásához egy negyedik kvantumszámra is szükség van, amely csak a +1/2 és a –1/2 számértékeket veheti fel. Később bebizonyosodott, hogy a két érték a fermionok esetében a spin két lehetséges irányának felel meg. Pauli 1925-ben vezette be a kizárási elvet; ez azonnal érthetővé tette az elemek periódusos rendszerének a felépítését.
Miután 1928-ban Zürichben a Svájci Szövetségi Műszaki Egyetem fizikaprofesszora lett, vezetése alatt az intézmény az elméleti fizikai kutatás kiemelkedő központjává vált. Az 1920-as évek végén figyelték meg, hogy ha az atommagból béta-részecske (elektron) lép ki, akkor általában hiányzik valamennyi energia és impulzus, ami súlyosan ellentmond a megmaradás tételeinek. A megmaradási törvények elvetése helyett Pauli 1931-ben feltételezte, hogy a hiányzó energiát és impulzust egy olyan részecske viszi el az atommagból, amelynek nincs töltése, a tömege kicsi vagy nulla, észrevétlenül mozog, és szinte lehetetlen kimutatni, mert olyan ritkán lép kölcsönhatásba az anyaggal. A részecskét, amelyet Enrico Fermi később neutrínónak nevezett el, végül 1956-ban sikerült megfigyelni.
Paulit 1940-ben kinevezték a princetoni Institute for Advanced
Study kutatóintézetben az elméleti fizika professzorává;
1946-ban amerikai állampolgárságot kapott. A II. világháború
után Zürichben telepedett le.