Gegenbaur, Karl (szül. 1826. aug. 21. Würzburg, Bajorország [ma Németország] - megh. 1903. jún. 14. Heidelberg, Németország), német anatómus; kimutatta, hogy az összehasonlító anatómia tudománya jelentős bizonyítékokkal támasztja alá az evolúciós elméletet.

Gegenbaur 1855-73 között a Jénai, majd 1873-tól 1903-ig a Heidelbergi Egyetem anatómiaprofesszora volt, és nagymértékben támogatta Charles Darwin evolúciós elméletét. Grundzüge der vergleichenden Anatomie (Az összehasonlító anatómia alapvonalai; 1859) c. műve az evolúciós morfológia mérvadó kézikönyve lett, amelyben hangsúlyozza, hogy a különféle állatok felépítésében mutatkozó hasonlóságok kulcsot jelentenek evolúciós történetük megértéséhez. Munkájában kimondja: "Az összehasonlító anatómia egyik legfontosabb feladata az, hogy az állati test szervezôdésében genetikus kapcsolatokra utaló jeleket fedezzen fel." Rámutatott, hogy ezen összefüggések felderítésének legmegbízhatóbb kulcsa a homológia, vagyis a közös evolúciós eredetű szervek összehasonlítása (pl. az emberi kar - a ló mellső lába - a madár szárnya).

Gegenbaur megerősítette a német zoológus, Theodor Schwann azon feltevését, hogy a tojás (pete) és a spermium nem más, mint egyetlen sejt (1861). Thomas Huxley angol biológussal együtt cáfolta azt az elméletet, mely szerint a gerincesek koponyája kiöblösödött csigolyákból keletkezett.