A Princetoni Egyetemen 1908-ban lett a biológia professzora, s független előadóként és kutatóként itt dolgozott 1933-ig, nyugdíjba vonulásáig. A gerinctelen állatok embriológiájával foglalkozott; tanulmányozta a petesejtet (ovum), kísérletei során nyomon követte az egyes szervek kifejlődésének folyamatát az embrióban, s azok eredetét kereste. Vizsgálta a sejtosztódás fizikai mechanizmusát is, és szaktekintéllyé vált az emberi evolúció tárgykörében. Nagy tekintélyű tudósként a nyilvánosság előtt is felhívta a figyelmet azokra a gondokra, melyek a tudományos felfedezéseknek a társadalomra gyakorolt hatásából erednek, és figyelmeztetett az avitt társadalmi attitüdök veszélyeire, a magasan fejlett technológia korszakában. Conklin gondolatai nagy visszhangra találtak, minthogy közvetlenül a II. világháború után tette közzé őket, amikor világszerte erősödött az aggodalom a nukleáris fegyverek jövőbeli háborúkban való bevetése miatt. Conklin fontosabb tudományos közleményei: Heredity and Environment in the Development of Men (Az öröklődés és a környezeti hatások szerepe az ember fejlődésében; 1915-21); Direction of Human Evolution (Az emberi evolúció iránya; 1921); és Problems of Organic Adaptation (A szerves adaptáció problémái; 1921).