Bayer 1592-ben iratkozott be az Ingolstadti Egyetemre, hogy filozófiát tanuljon. Később Augsburgba költözött. Ügyvéd lett, de sok kortársához hasonlóan különös érdeklődést tanúsított a csillagászat új eredményei iránt, ez vezette el a csillagok népszerű katalógusának, az ÈUranometriáÈnak a megjelentetéséhez. 1612-ben Augsburg város tanácsának jogi tanácsadójává nevezték ki.

 Bayer munkája előtt a csillagtérképek Ptolemaiosz csillagkatalógusán alapultak, de az hiányos és félreérthető volt. Bayer a déli féltekén újonnan felismert 12 csillagképpel egészítette ki Ptolemaiosz 48 csillagképet tartalmazó jegyzékét. Bayer a csillagképek minden látható csillagához a 24 görög betű egyikét rendelte, felhasználva a csillaghelyzet és fényesség Tycho Brache által meghatározott adatait. A több mint 24 látható csillagot tartalmazó csillagképeknél Bayer latin betűkkel egészítette ki a jegyzéket. A Bayer-féle elnevezési rendszer ma is használatos, alkalmazását mintegy 1300 csillagra terjesztették ki.